吕宋群岛，此时已经被纳入大明的管辖。因为有了扩张经验，在攻打吕宋的时候，行政官员就已经在台湾准备好了。
西班牙人战败了，吕宋群岛已经被大明全面接管。大明的行政官员也到了吕宋群岛，并开始着手摧毁土著的统治结构。当然饭要一口一口的吃，和多岛屿目前还是要靠土著进行管理的。不过在吕宋本岛上，这样的政策是率先实行的，即将原本的土著统治者一脚踹开，由大明官府直接管理土著。同时再辅以一些土著或者在吕宋生活的汉人对土著进行沟通。
为了保护汉人在吕宋岛的安全，不被土著侵害。大明官府开始在吕宋行政后，立即出台了严格的刑法，那些对汉人进行犯罪的土著都将进行严惩。同时就是让军方进行配合，在各地进行驻军，一边保护汉人安全，一边对土著手中的杀伤性武器进行严格管制。弓弩、火器是土著不可持有的，同时进剿那些不服管教的土著势力。
不服管教的土著肯定是有的，特别是大明官方直接对吕宋进行行政，而不是通过土著统治者出面。不过那些土著的反抗并不能动摇大明对吕宋的统治地位，这无关德行。而是力量上就碾压了。
土著没文化，没有生产力，还很懒惰。大明要想镇压那些作乱的土著，只要投入兵力进行剿灭，只要那些土著不是一味的进行游击战，剿灭起来还是比较容易的。不过土著没什么文化，他们在游击战方面并没有完整的理论。
这是文明高度的碾压。
德行、势力、智慧，这是古人总结出的决定战争胜利的三大要素，然而土著不管是在德行还是势力，或者是智慧上都比大明要差太多了。所以不管这些土著如何反抗，他们注定是胳膊拧不过大腿。
当然，此时大明在对外扩张过程中，朱由校已经明确要求不可进行屠杀、奸（和谐）淫、抢劫平民等有损阴德的行为。
但对于那些反抗大明统治的土著，那就不一样了。这个世界本就是弱肉强食，剿灭那些不服从统治的土著并不会有损阴德。
所以那些反抗大明统治的土著，注定是要被大明给消灭的。他们的装备和军事素质都太差，在大明的正规军面前根本不堪一击。而且这些土著也不团结，并且很容易收买，还很懒惰。
朱由校派来的调查组，因为路上碰上了不良海况，逗留在台湾大半个月才启程前往吕宋。
到达的时候已经是农历七月下旬了。
调查组到达后，随即对万历年间汉人遭到屠杀的事件进行了相关的调查。当年的往事也没过去多久，很多人还是有深刻记忆的。调查局经过调查后马上揪出了一大堆参与了当年屠杀行为的土著统治者，同时还揪出了不少参与屠杀的土著民。
不过西班牙人才是屠杀汉人的主谋，不过很多西班牙人已经被调回本土，特别是那一任的西班牙驻菲律宾总督。
既然调回去了，自然就是拿现在的西班牙驻菲律宾总督出气，总得拉几个出来顶缸，以告慰被屠杀的汉人在天之灵。同时也是要通过实际行动来告诉所有人，屠杀汉人没有好下场。
为了抓捕那些参与屠杀的土著，官府发布了悬赏令，鼓励土著对参与屠杀的土著进行揭发，揭发之后是有奖励的。
一时间土著的贪婪就爆发了出来，很快官府就接到了大量的揭发、举报，官府将军队调往各地施行抓捕，不管是不是参与了屠杀，先抓了再说。
抓获了之后，再进行一一核实。
毕竟当年的屠杀是群体活动，核实起来还是比较容易的。而且这些参与屠杀的土著，都有共同的年龄特征，那就是年龄不小。
在经过一番逮捕之后，抓捕上万名土著，经过一番核实之后放了三千多人，有七千多人被确定参与了当年大屠杀的土著，这些土著被一批接一批的被拉到马尼拉郊外执行了枪毙。
因为大量土著被枪决，马尼拉郊外的刑场很快就‘血流成河’，看得那些土著心惊胆战。
上百名被揪出来顶缸的西班牙殖民者，则被调查带回了京城，这些西班牙殖民者将在京城进行问斩，以在本土对大明百姓一个交代。
就在调查组彻查屠杀事件的时候，一支黄金部队的勘探队也来到了吕宋，在吕宋成立了一个‘南洋黄金勘探总局’，并开始在南洋各地到处勘探黄金，并在军队的保护之下，向婆罗洲进行勘探。
婆罗洲当前是没有殖民者占领的，婆罗洲的土地虽然比较贫瘠，但却有黄金。同时还有石油，后世的文莱就位于婆罗洲。除此之外，婆罗洲拥有除巴西雨林之外最大的热带雨林。
对婆罗洲的殖民活动也被纳入海军的计划，即便土地贫瘠一些，但在沿海开辟一些据点，然后把岛屿占领了也不用话费太大的功夫。这么大的第一块地方，即便土地贫瘠一些，也是有很多资源的。沿海地区交通比较方便，汉民移民到婆罗洲也不可能混成山区贫民。
开采黄金这是朝廷中央的事情，而吕宋当地的殖民利益，却则地方官府要考虑的。他们接管了西班牙人在吕宋的殖民成果，此时的吕宋群岛上，已经发展出了不少种植园。这些种植园很多都是汉人的，不过不少在万历年间的屠杀过后，变成了西班牙人的了。
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