然而由于明军长途进军，离后方很远，对手又是游牧民族，流动性很大，所以既难以久驻，也不可能毕其功于一役。
虽然大明无法占领每次军事行动到达的地方，但因实力强大，洪武时的北界还是推进了很多，先后设置了大宁卫(驻今内蒙古宁城县西)、开平卫(驻今内蒙古正蓝旗东闪电河北岸)、东胜卫(驻今内蒙古托克托县)和兴和所(驻今河北张北县)等军事驻屯机构。
洪武二十年设大宁都司，次年改称北平行都司，治所在大宁卫，辖境北至今西辽河、西拉木伦河、内蒙古克什克腾旗、查干诺尔一线。其西的明朝北界则在阴山山脉和贺兰山一线。
在西拉木伦河以北是兀良哈部族，明朝在那里设了三个羁縻卫，称为兀良哈三卫。
建文元年，燕王朱棣举兵推翻建文帝夺取皇位时，曾联络兀良哈三卫支援，到朱棣登位后，就将北平行都司改名大宁都司，移治保定府(今河北保定市)，原来的辖地都作为报酬让给了兀良哈。
东胜左右卫也分别迁到了今河北的卢龙和遵化。这样一来，开平卫和兴和所成了孤悬的据点。永乐二十年，兴和所被蒙古阿鲁台袭陷，迁治宣府。宣德五年，开平卫也移治独石堡(今河北赤城县北独石口)。
至此，在今北京、河北、山西境内的明朝北界已经退到了以后的长城一线。
另一侧，河套地区本来是明朝的辖地，但在东胜卫后撤后失去了支援，而蒙古却不断入侵，到天顺后就完全成了蒙古的势力范围。
嘉靖时曾一度准备收复河套，但没有成功。所以在今陕西、宁夏和甘肃境内的明朝疆域也是以长城一线为北界了。
当然，以长城为界倒也并不是绝对的，与辽东边墙一样，山海关以西的长城(明代也称为边墙)也不一定完全按照当时的疆域范围建筑。而且由于鞑靼、瓦剌以游牧为主，实力也有盛有衰，有时逼近长城，有时又退却很远，所以明朝的实际控制区常常越出长城，在长城以北还存在一些双方势力交错或者都不加控制的地区。
如果继续往西北方向看，洪武初年时，大明曾取得了元朝在西北的全部疆域，即亦集乃路(治所在今内蒙古额济纳旗东南)、沙州路(治所在今甘肃敦煌市)、肃州路(治所在今甘肃酒泉市)和甘州路(治所在今甘肃张掖市)，占有今甘肃和内蒙古的西部。但没过多久就放弃了西部，撤到了嘉峪关。
当时在关外还设有七个羁縻卫所，自成化以后，其西的土鲁番势力日益强大，吞并了这些羁縻卫所，大明朝的疆域就限于嘉峪关以东长城以内了。
如果要和唐朝相比的话，大明在西南的经营要比唐朝给力，但在北方以及西北则明显不如，东北也就是辽东方面，大明勉强算是稍胜一筹。不过虽然东北、西南占优，但由于中国自古危险多出在北方，所以明朝的边疆军事压力整体上而言是大于唐朝的。
而导致这个原因出现的很大一个原因，在高务实看来就是朱棣内迁北方卫所而造成，这其中又以内迁大宁都司为最甚。
明之大宁者，汉之右北平，辽之中京也，地位何其重要？
掌握在汉人手里，就如同此次高务实伐元一般，西、北、东三路，想出哪路出哪路，可谓扼住了北疆的枢纽。尤其对于北疆偏东部分，那更是居高临下一般的俯视，足以震慑数千里之疆域。
然而大宁一旦掌握在游牧民族手里，那就是南犯汉地之前哨。历史上俺答封贡之后，察哈尔部与内喀尔喀部南犯劫掠，很多时候都走大宁便可见一斑(另一部分是去辽东)。
而且从另一个角度来看，如果大宁一直掌握在大明手中，察哈尔东迁这件事没准根本不会发生。那样的话，搞不好俺答早年就要和察哈尔部先来斗个你死我活，大明说不定就直接坐收渔利了。
可是大宁都司内迁某种程度上而言也是朱棣不得不为之。当时镇守大宁的是宁王朱权，这位爷政治头脑只能说一般，但因为掌握大宁都司，手底下有兀良哈三卫精锐骑兵，军事力量相当了得。后来由于朱棣的一番军事加政治的操弄，兀良哈三卫被出借给了朱棣，在靖难之役中立下大功。
战后封赏，朱棣担心他在南京称帝之后宁王尾大不掉，甚至没准能复制他的夺国之路，自然不敢将朱权留在大宁，于是宁王内迁江西，被放在眼皮子底下盯着。兀良哈三卫于是就捡了大便宜，翻身农奴把歌唱，直接获得了大宁及周边地区作为牧场。
由于大宁被赏给了兀良哈三卫，北疆其余卫所便失去了核心支撑，于是一个个都开始撑不住，只好逐批逐个的纷纷内迁，终于就搞成了上头所说的那副德行。
漠南之战后高务实收复了大宁，并且坚持要在大宁驻军。一开始这个计划由于图们出兵打击明军补给，搞得差点夭折。
后来高务实靠着自己的面子，从土默特借到脱脱恰台吉所部东出，驻牧于大宁与明军边墙之间，这才算是阻断了图们伸出的黑手。然后大明朝廷持续输血、大力建设，这才重新筑成了新的大宁城，再次将手稳稳地伸到长城以北。
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