俄国舰队从金兰湾出发，意味着暂停了约2个多月的战争又将展开，而且由于这次有了华东政府的介入，使得战局也变化更为复杂。
华东政府和俄国都充份的利用这段暂停的时间，为下一步的战争做好了充份的准备，而做为日俄战争的另一个当事国日本，也同样没有闲着。
早早收兵回国的联合舰队首先经过了3个月的修整，军舰都进行维修保养，恢复正常的性能，而水兵轮流休假以养精蓄锐。在2月份的时候，联合舰队全军集结，以俄国第二太平洋舰队为目标，展开了紧张的训练演习，重点在于炮术的训练，因为在第一阶段的战斗中，联合舰队暴露出来的最大问题是命中率太低，在炮战中仅仅只击沉了一艘装甲巡洋舰，因此炮术训练变得愈发严酷。
东乡平八郎提出了一个著名的练兵宗旨——“百发百中的一门大炮要胜过一百门百发一中的大炮”。并且在联合舰队中实行月月火水木金金训练。原来在日语里从星期日到星期日六分别称为日耀日、月曜日、火曜日、水曜日、木曜日、金曜日、土曜日。日耀日和土曜日就是星期日和星期六，而月月火水木金金，就是没有日耀日和土曜日，也就是没有了星期日和星期六，一周七天没有休息，全都进行训练。而每天的炮术训练达5个小时，仅实弹演习就安排了八次，而这样疯狂的训练，使得所消耗的炮弹已经超过了日本国内炮弹储备的半数。
而在陆军方面，日本在辽东半岛投入的兵力超过50万，其中作战部队达3 5万左右，布置在沈阳一线与俄军对持的军队达2 0万，布置在辽河东岸防备人民军进攻的兵力约为7万，旅顺的守军为3万余人，其余的兵力则分布在辽阳、铁岭等几个关建节点上，而在朝鲜半岛上还有约10军队做为后备兵力。因此尽从兵力上说，日本投入的兵力丝毫也不弱于俄国和华东政府，不过由于地理位置的劣势，使得日本有些被动，在北西两线均只能选择守势。
不过就在俄国舰队离开金兰湾的第二天，明治天皇招集元老伊藤博文、井上馨，首相桂太郎、外相小村寿太郎、藏相松方正义、陆军大臣寺内正义、陆军部参谋总长山县有朋、海军大臣山本权兵卫、海军军令部长伊东佑亨等文武大臣聚议，讨论下一阶段战争的策略。
而这样的军政阵容，只有在日俄战争开战之前的御前会议才有过。打到这个时候，日俄战争开战己有15个月了，尽管日本不断在战场上取胜，但俄国却是始终打不死，而且还在向远东地区不断的集结军队、舰队，而战争进行到这一步，日本的战争潜力己经被耗得差不多了，因此从表面上日本的形式虽然是一片大好，但内囊里却是己经空了，只要是稍有闪失，日本必然是兵败如山倒，全面的崩盘。
明治天皇对日本的情况自然是十分清楚，因此日本越是在战场上取胜，明治天皇反而心里越是没有底，由其是日本和华东政府恶交，人民军进驻辽西，明治天皇就更是越想越没把握，心里也越慌，生怕听到日军遭到人民军和俄国夹击的消息，有几次都被日本战败的恶梦惊醒过耒。
在战争将要重新展开之际，明治天皇也终于沉不住气了，于是招集大臣们，听一听他们对下一步战争的意见，当然明治天皇心里也十分清楚，战争进行到了这一步，日本是绝对停不下来的，只能硬着头皮打下去，要么打赢上天堂，要么打输下地狱，没有第三条路，而明治天皇招集大臣，其实只是想从大臣们听到一些日本必胜的理由，好让自己心里能稍稍安定一些。
明治天皇首先道：“俄国舰队已经从金兰湾出发了，大约在20天以后到达黄海海域，不知我们的海军准备的怎么样了，有没有胜算？”
山本权兵卫道：“请陛下放心，陛下的舰队还有将士们都己经做好了充份的准备，只等俄国舰队到达黄海，必然会给他们迎头痛击。天佑日本，我们一定会取得胜利的。”
伊东佑亨也道：“是啊，俄国舰队是远道而去，耗时6个多月，航行了2万6千余里，军舰的摩损必然十分严重，而人员也身心疲惫，1 0成战斗力，最多只能发挥出5、6成；而联合舰队己经修整了半年多的时间，军舰都己经得到了维修保养，军舰的性能己完全恢复，而士兵也得到了充份的休息，因此我们是以逸待劳，这一战必然会击败俄国舰队的。”
明治天皇点了点头，道：“如此朕就放心了。”
山本权兵卫道：“一但我们击败俄国舰队，俄国将彻底丧失海上的力量，因为俄国国内也不可能再拼出一支舰队来，日本将会获得绝对的制海权，这一场战争至少将会立于不败之地，而最终能不能取胜，就看陆军的能力了。”
陆军大臣寺内正义立刻道：“请陛下放心，我们陆军也有信心，取得胜利。”
其实只是俄国舰队来了，明治天皇到也并不太在意，毕竟一个远道而去，一个以逸待劳，孰优孰劣一目了然，他最担心的还是陆地上的战斗，毕竟日本要取得这场战斗的胜利，最终还是需要在陆地上解决战斗。而寺内正义这种口号似的表态，显然是不能让明治天皇信服的，因此明治天皇道：“如果俄国和海外华人联手，我们日本是否还有胜算呢？朕不怀疑士兵的忠勇，但战争并非是靠忠勇就可以取胜的。”
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