就在秦铮和张振勋进行会谈的时候，护侨的准备工作己经开始，而华东政府的军事机器也立刻开动了起来。
1师师部首先接到了军委的通知，将由1团负责执行这次护侨进动的陆地部份任务，并且将首先派出一个营的兵力，随昆明舰先行出发。
从济南调回青岛之后，1师首先备配齐了全师下属的各兵种部队的编制和武器，因此成为人民军陆军第一个完成了计划编制的甲种师，按照军委的计划，开始进行全师的兵种协同训练，为其他师的建设训练摸索经验。
当然现在各兵种部队的编制刚刚完成，由其是炮兵部队，绝大部份士兵都是刚刚接受完炮兵的理论知识教育，大部份炮兵在几个月以前还是文盲、半文盲；好在是炮兵普遍都很年轻，最小的只有17岁，而大的也不超过25岁，平均年龄还不到20岁，因为年轻人的头脑较为灵活，而且接受新事务也较快，因此经过了几个月的强化教育，才免强掌握了基本的炮兵术语的字词句和各种测量、单元计算。
不过现在炮兵还需要相当一段时间来巩固这些知识，而且将这些知识应用到实践中，熟悉火炮的操作流程，以及稳定而快建的计算各射击单元，提高射击的精准度，因此现在炮兵主要还是进行最基础的如指挥、测绘、观察、通信、操作训练，而像步炮协同、视距外射击这类综合性或难度较大的科目，暂时还没有进行。
而其他步兵则是和迫击炮一起训练协同作战，去年年底的剿匪战斗中，一师取得过一些战场上的步兵和迫击炮的协同作战经验，因此各营团进行总结讨论之后，制定出一套步迫协同作战的规则，现在将这套规则普及到全师各部队中，正在按规则进行训练。
接到了军委的命令之后，师长张正杰立刻通知罗岳，让罗岳着手安排护侨的任务。于是罗岳首先决定派二营随昆明舰出击，随行的除了二营的三个战斗连之外，还有营属82迫击炮连，共计有12门82迫击炮；和营属机枪连，不过由于原计划机枪连装备的通用机枪还没有研制成功，因此机枪连配备的仍然是马克沁机枪，而且由原编制的12挺机枪减少为6挺。
先期部队到达爪哇之后，将会有8-10天的独立作战期，因此弹药基数必须配足，罗岳要求步枪至少要配备10-12个基数的弹药、机枪要配备8-10个基数的弹药、而掷弹简、迫击炮要配备6-8个基数的弹药，*要配备4个基数，另外考虑到南洋的气候炎热，而且空气的湿度大，含盐量，腐蚀性强，武器的损耗较大，还要考虑多配备一些更换的零配件。而到达南洋之后，罗岳认为应在沿海岸15-20公里内建立滩头阵地，以及收容营，因为在这个距离内，可以受到昆明舰舰炮的保护，因此一面收纳华人，一面屯积物资，保证后续的部队到达上岸。
罗岳的计划在当天下午就报到了军委，很快就得到了军委的批备：步枪配12个基数弹药；机枪配8个基数弹药；掷弹简、60迫击炮配8个基数弹药，82迫击炮、100迫击炮配6个基数弹药，*配4个基数，另外还额外配备300支01式步枪、500支96式手枪，一方面是供二营更换使用；另一方面也是到了爪哇之后，可以在适当的时候，发展当地的武装力量，做为人民军的补充，同时也是培养华东政府在南洋的武装力量。
当然军委考虑的要比罗岳更细一步，同时还考虑人员的饮食，和随舰的医务人员、医药用品等。虽然张振勋承诺可以在沿途港口供应食物、饮水，并且在爪哇还可以提供药品，但华东政府不可能将所有的希望都放在张振勋的身上，由其是先头部队更是要做好充份的准备工作，因此组织了一个15人的医务队，其中有6名是穿越者的医务人员，随先头部队出发，同时食物和饮用水也都加量携带。好在是昆明舰的容纳空间较大，也足以装载下这些物品。
而先期部队到达爪哇之后，军委认为不必拘守沿海岸15-20公里的范围，而是应该视爪哇的情况而定，如果张振勋能够给人民军提供较大的帮助，给军舰提供舶位的码头，并让人民军迅速获得当地华人的信任，那么可以考虑在更进一步的地方设立营地，而反之则应将营地设在舰炮保护的范围内。
陆军己经先期做好了准备工作，而直到第二天下午，原昆明舰的最后一批舰员才到齐集合。
在华东政府成立以后，7艘穿越军舰仅仅只保留5艘作战军舰，两梄登陆舰长白山舰和补济舰太湖舰均被拆除，舰上的设备拆下来，一部份供华东政府使用，一部份留作5艘作战军舰的更换备件，舰员也是一部份转入其他工作，一部份到人民军海军中工作；而5艘作战军舰上的舰员则轮流保留1/3的值班留守人员，其余的人大部份都在海军里，也有少量转为行政工作人员。其中还有8名原舰员在天津工作，5名原舰员在济南工作。
从理论上来说，有1/3的舰员就可以开动军舰，而有2/3的舰员就可以基本保证军舰的战斗力了，但考虑到这一次执行的是远洋任务，时间较长，舰员们需要轮流休息，以确保良好的状态，因此军委还是决定，让昆明舰全员出航。而且不仅仅是舰员，就连原昆明舰的舰长，现任海军部部长尚晋峰也亲自出征，同时他还被任命为这次护侨任务的总指挥。
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