经过研究，张准决定以都督府作为军政合一的最高统治结构，自己担任大都督。大都督府下面管辖数个部门，分别是军务部、政务部、财务部、法务部、工务部等，分别负责不同的事务。
军务部包括参谋部、情报司、猫眼司、装备司、医疗司、伤退司、后勤司、造船司等部门。参谋部主要负责虎贲军的组织、训练、指挥、作战等。情报司和猫眼司都是情报机关，负责搜集情报。装备司主要负责武器装备的研究和生产，包括炼铁、虎贲铳生产、火炮生产、火药生产等。
医疗司主要负责医疗事务，包括建立卫生制度，收容伤病员等。伤退司主要负责伤残及退伍军人的安置，还要负责新兵的基本训练。后勤司自然是负责所有后勤物资的生产、集中、运输、管理等。造船司自然是专门负责海军战舰的设计、制造、维修等。
军务部的总负责人，自然是张准本人。军权是绝对不能旁落的，只要是人都知道。没有人会跟张准争抢这个职务，除非是觉得自己活得不耐烦了。
在各个司之外，军务部下属还有一个军事委员会，包括张准在内，总共有十三名委员。这些委员都是虎贲军的头头，包括各个军种的主要指挥官在内。杨致远、郝林勇、杨国华、周正宇等人都是其中的成员。有大的战事，张准会召集军事委员会的所有成员，一起讨论研究。
政务部的架构比较复杂。政务部囊括了所有的政务、经济、科技方面的管理事务。下属的机构，包括内政司、精盐司、军田司、民田司、科技司等。政务部的组织架构，是最庞大的，人员也最多。
按照张准的设计，政务部应该有一个尚书，数个侍郎或郎中。高弘图本来是尚书的最适合人选，他的大局感是比较强的。但是，高弘图本人坚持不担任公开的官职。因此，这个尚书的职务，暂时空缺。刘航、刘宝玉、侯山平、杨立仁等人，都是侍郎或郎中。职位没有高低之分，只有分工的不同。
作为最主要的内政部门，政务部当然要有大量的骨干。田枫、刘广新、宋应升、宋应星、冯梦龙、张煌言、阎应元、陈明遇、冯厚敦、徐正明等人，都是政务部的储备人才。其中，宋应升等人都担任了地方知县。莱州府知府王铭宇，登州府知府张慎言，都是政务部的直接下属。
在政务部的下面，同样设置有一个政务委员会，包括张准在内，同样是十三名的委员。遇到重大的政务需要决策，会召集全部的委员进行商议。这些委员，当然是政务领域的骨干，包括张准、高弘图、张慎言、王铭宇、刘航、刘宝玉、杨立仁、侯山平、周一鸣、田枫、刘广新、杨锐锋等。
财务部包括财政司、审计司。财政司主管财政收入和支出。审计司负责审计各项费用的开支。财务部的总负责人，当然是杨映菡了。杨映菡本身能力不是很强，因此需要多人协助。姬玉情对财务管理，也算精通，有她协助，杨映菡就不会感觉到吃力了。
法务部包括法制司、监察司。法制司主要负责各项法令法规的制定和完善，如《均田令》、《军田令》、《户籍令》、《经商令》等。随着虎贲军控制区域的扩大，这些法令都要不断的完善。同时，针对新的情况，也要制定新的法律。张准准备用几个月的时间，制定一套相对简单的法律，然后颁布执行。
其实，明代不是没有法律。相反的，明代的法律，还非常的完善。《大明律》总共有30卷，460条，包括五刑、十恶、八议等各方面的内容。即使在后世看来，大明律也已经是相当的完善了。
遗憾的是，完善的法律，不代表严格的执法，更不代表公正的执法。至于其中的原因，就不必细表了。每个朝代都是开国之初，法令的执行比较公正严明，慢慢的就开始产生惰性，逐渐腐败，最后荡然无存。有的朝代开创不过几十年，就已经腐败透顶了。
《大明律》相对之前历朝历代的法令，最大的特点，就是加重了对贪官污吏的惩罚。要说对付贪官的腐败，朱元璋的狠劲儿谁也比不了。据《大诰》记载，明代光是酷刑就有数十种之多。有族诛、凌迟、极刑、枭令、断手、刖足、阉割、剥指、剁趾、墨面、文身等等。此外，朱元璋自己还发明了不少令人发指的刑法，如“铲头会”、“刷洗”、“抽肠”。
所谓“铲头会”，是将五至十名囚犯推入预先挖好的坑中，用土埋至颈项，只把脑袋露出地面。然后，刽子手用特制板斧排将砍去，往往一板斧下去，便有数个人头落地。
所谓“刷洗”和“抽肠”更加叫人毛骨悚然。前者是将犯人全身赤裸地绑在一张特制的铁床上，用滚烫的开水往犯人身上浇。顿时，犯人被开水烫得皮开肉绽。接着，行刑的刽子手，手持铁刷，在犯人烫烂的身体上用力刷去皮肉，直至露出白骨，“至尽而死”。
后者则是将犯人剥去衣服，高吊在特制的架子上，刽子手用铁钩从**处伸进犯人体内，将其肠子钩出，再将肠子的一端系在石头上，旋即松手，此时“尸起肠出”，犯人便被活活地刳肠而死。
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