一千多艘战舰对亚特兰蒂斯人来说不算什么，可是克隆人的努力与奋战却不能因为他们特殊的身分而予以抹杀！
军方与云州星的通讯始终不曾断绝，云州舰队的战报送回基地星，军方感叹克隆人的不易，特事特办，授予这支舰队云州星独立舰队的番号，编制上隶属于前进舰队，但拥有独立作战的权力。
这支舰队创造了共和国军史上的两个第一：即是第一支由殖民星独立建造的的舰队，也是第一支所有舰员全部是克隆人的舰队。
因为不了解克隆人的想法，共和国高层给予云州星高度的自治权力，除了云州星属于中华星国这个大前提之外，没有向克隆人提出任何直接或间接的条件。为了拉拢克隆人，军方还向云州星方面提供了部分最新的设备图纸，包括最新式光速鱼雷。
云州独立舰队在与亚特兰蒂斯人作战的同时，也和碟族有过几次接触，由于碟族也是亚特兰蒂斯人的敌人，云州独立舰队并未主动挑衅，而碟族在发现云州独立舰队一直在与亚特兰蒂斯人作战之后，也没有发动进攻，双方默契地维持着不管和平的和平。
换成叶飞在这里，哪会管那么许多，肯定会在发现碟族的第一时间下令猛攻——今天的亚特兰蒂斯人是共和国的头号大敌，但以往是碟族首先袭击了山鹰号，才导致双方起了数次大规模的冲突，亲眼目睹一切的叶飞绝不会忘记那一笔笔累累血债。
暂时的和平给云州独立舰队带来的最大好处就是不必两面受敌，可以专心对付莫罗星域的亚特兰蒂斯人。
2218年年底，云州舰队在一个红矮星星系短暂停留的时候，还在星系中意外遇到了山姆大叔的胜利号，无意中建立了直接的联系。
从此之后，碟族在莫罗星域的行动都会通过胜利号提前通知云州独立舰队，克隆人的行动也会和胜利号说一句，双方建立起了初步的合作机制。
叶飞被军方召回基地星之前不久，碟族通过胜利号，第一次向云州独立舰队提出双方直接会面的要求。
云州独立舰队的克隆人十分警觉，并没有答应碟族的条件，而是将球踢给了基地星。召回叶飞，就是想派他代表共和国与碟族进行初步接触。
叶飞一听是这么个任务，脑袋立马像上紧了发条一样摇个没完，死活都不愿意接受任务，徐世杰好一顿微言大义，叶飞就是油盐不进，最后徐老爷子气往上撞，直接给叶飞两个选择，一是滚回家里抱老婆，二是立马接受任务，这才逼得叶飞不得不答应下来。
2219年8月2日，种源号离开基地星，通过传送门赶到太阳系之后装载大量传送晶体，踏上了飞往云州星的旅程。
与此同时，一份传送舰图纸由基地星发往云州星，收到图纸之后的克隆人马上中止了一艘主力舰的建造，空出船坞全力制造传送舰。
2219年8月24日，种源号历经二十二天的飞行抵达云州星。
回到阔别三年的云州星，叶飞等人不由地感慨这里的变化之巨大，当年云州星除了一座舰队基地之外，就是几个孤零零的船坞，而且所有的设施都在亚特兰蒂斯人的袭击中被毁，就连仅有的轨道电梯都没留下。
而现在呢？光是轨道电梯就有六座，整个星系到处是开矿的机械人和轨道工厂，要不是一抬头就能看到满天的星光，还以为是到了基地星呢。
种源号刚刚飞到云州星附近，阮鹏突然报告：“头儿，收到云州独立舰队的通讯！”
“接进来。”叶飞说，“老样子，伪装舰桥。”
阮鹏诧异地答应下来，稍候，大屏幕上出现了一个穿着全套大校军装的年轻人，他在看到叶飞之后立即敬礼：“叶司令，云州独立舰队指挥员何城向您报到！”
“我是叶飞，何司令你好。”叶飞客气而疏远地说。
独立舰队虽然隶属前进舰队，但是独立的作战权限等于变相剥夺了叶飞对这支舰队的指挥权，而且从上到下一水的克隆人，也在一定程度上杜绝了其他人染指这支舰队的可能，何城的职务完全可以称一声司令。
黑熊这时悄悄地向众人发了一个念头：“这小子够年轻了，这么小的岁数就是少将？毛长齐了吗？”
“有志不在年高。”叶飞不动声色地回了一句话，“你肯定觉得他太年轻，配不上两毛四的军衔。”
黑熊如今也就是个大校而已，看到一个毛头小子跟自己平级，心里能舒服才是怪事。
“还是头儿你了解咱！”黑熊一点也不掩饰地想。
“得了，你还是消停点吧，我都没说什么呢！”剪刀说。
他才是个上校，比黑熊还要差一级呢。
年轻的何诚连说不敢，两人客气几句之后终于转入正题：“叶司令，我现在正是舰队在一起，还需要几天的时间才能赶回云州星，您看碟族是事情是等我回去详谈，还是越快安排越好？”他知道安装了晶体引擎的战舰速度极快，可又不好意思直接催促叶飞主动来见自己，只能采用这种迂回的说法暗示。
叶飞想了想说：“把你目标的坐标给我，然后再叫云州星目前的主事人来见我，我安排好云州星的事情就过去找你。”
“明白！”何诚切断通讯，马上按叶飞的吩咐办理。
只等了几分钟，一艘小型运输船就载着云州星职务最高的行政官员抵达种源号。
叶飞根本没有面见这位克隆人官员的闲工夫，直接在通讯中向他交待了一下情况，之后种源号舰腹下仅有的一支机械臂从战舰内部取出了严密包装的传送晶体交给运输舰。
这些传送晶体是给云州星新建的传送舰准备的“粮食”。
云州星的传送舰投入使用之后，共和国将建立起一套横跨两千多光年的远程传送网络，将所有已知文明的交通手段完全碾压！
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