因为土司制度在政治上不但存在着朝廷与土司之间、土司与土司之间、土司内部之间争权夺利的复杂矛盾，而且也使阶级压迫和民族之间的隔阂日趋严重，种种矛盾尖锐激化，经常发展成兵戎相见武装斗争。
所谓云南的“西迤土司无十五年不用兵之事”，指的正是这种兵连祸结国不安宁民不聊生的情况——这是土司制度在政治上极其落后的体现。
经济上就更不用说了，土司制度下的居民经济负担明显加重。因为不仅要承担原封建领主土地所有制的盘剥，还新增了朝廷的经济征取，等于是受到双重剥削。
就领主土地所有者，对当地居民的盘剥比以前更凶了。因为朝廷许诺在实行土司制度的地方不变动原有的经济制度，即允许领主土地所有制继续存在，允许土司横征暴敛。
土司得到这尚方宝剑，自然毫无顾忌变本加厉地剥削。
除征收官租外，还要负担繁重的苛捐杂派和劳役。有的杂派达数十种，比如土司子女嫁娶钱、生育钱、满月钱、满岁钱、读书钱，还有土司家族的伙食钱、拜佛钱、出门钱、走路钱、丧葬钱、修建钱等等。
固定的劳役则有守坟、抬轿、割马草、刮马屎、吹喇叭、打扫衙门、做家务事等等，名目繁多不胜枚举，远远超出正规官租的几倍甚至几十倍。
很明显，土司制度导致土司对人民的剥削是极其残酷的。
朝廷对土司地方采取不改变原有的经济制度的方针意味着什么呢？
意味着明知那地区经济落后，却不予扶持帮助而只管征取。征取的项目主要有差发、朝贡、供证调、承袭纳谷以及巧立名目的额外征收。
“差发”，是指按年征取一定数额的金银。差发银在当时人口少、生产水平低、自给自足的农业生产条件下，把实物变换为金银价格悬殊，常常发生无力纳完的事。
“朝贡”，是一项很重的经济负担。因为所贡之物是地方名贵的特产，数量有限，价格高昂。
“供征调”，同样是一项巨大的经济负担。征调包括出兵、出夫役、出粮、出款。
“承袭纳谷”，是朝廷明文规定的。明弘治年间，土司袭职五品以上者纳谷300石，六品以下者纳150 石。每石为10市斗，算起来，无论纳谷还是折银，都是一项很大的负担。
总之，无论是从政治还是从经济方面，土司制度都存在严重的弊端。朝廷利用土司在少数民族中的传统势力和影响，建立和巩固对少数民族地区的统治以便能够“保境安民”，而土司则借朝廷的封号和许愿提高自己的地位，行使特权残酷地进行压迫剥削。
弊端已经日益凸显，到了非改不可的地步，否则就要出大乱子。
在这个问题上，以后世的视角，朱翊镠肯定比申时行、许国看得远多了。
然而，这个问题沟通起来却很难，操作起来更是难上加难。
但不正视不行。
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