历史上，毛明山在同陆宇鼎、江汉二人盗走王翊的首级后，于永历十年参加了王江、沈调伦复起大兰山策应舟山陈六御的起兵，直到半年后清军遣宁海大将军、正黄旗固山额真伊尔德会同浙江清军二次围攻舟山前再度围剿四明山时才殁于阵中。
可是到了现在，由于王江躲过了去年清军针对四明山的围剿，以及陈文的异军突起，清军加强了对王翊悬首的看管，陆宇鼎等人也只得对此前的计划进行修改。本来以着毛明山和江汉的武勇，再加上袭击的突然性，脱身并非不可能，只是当毛明山发现堵截清军的指挥官是徐磊的时候，整个人登时被愤恨所燃烧，在望京门下提前五年绽放出了最后的花火。
与此同时，陆宇鼎在城头厮杀的掩护下驾着小舟远去，直到一个隐蔽处才抛下小舟，换上本来的衣衫返回家中，将王翊的首级藏匿于书房之中，等待着有朝一日能够为王翊风光大葬。
十余日后，远在数百里外的义乌，陈文新近招募的这数千新兵的基础训练任务也完成了大半。
由于编制有南塘营第一局作为蓝本，鸳鸯阵以及其他兵种的武器装备也没有什么变化，这些新兵的训练也没有什么不同。
只是眼下清军围剿在即，时间紧迫之下不似天台山上那般，陈文只得按照他在大兰山时的流程和内容进行训练。再加上新兵过多，在和老兵的比例上达到了七比一之大，他也只得拿出一套与此前截然不同的组编方式。
清军围剿的紧迫导致了新兵训练时间过短，再加上老兵数量太少，又不可能在大敌当前的情况下重新打散混编，陈文遭遇了他此前从未碰到过的凝聚力的问题。
为了尽可能降低其对作战效果的影响，陈文决定将新编各局的鸳鸯阵杀手队按照籍贯、亲族进行组编，以此靠着同乡、同族自身的凝聚力来强化战斗能力。这样的办法在中国并非鲜见，包括欧洲的瑞士人也曾经以此强化军队来对抗奥地利铁骑。
只不过，这样的组编方式对于并非本乡本土人士的陈文，以及大部分成员来自于宁绍台州等地的老南塘营来说却是极为不利，尤其可能将面临到被本地宗族、世家架空的风险。
可是眼下清军围剿在即，若是不如此，仅仅凭借着那一千多组编上并不健全的老南塘营，极有可能被清军以绝对优势的兵力耗死。
凭籍着对于历史的了解，陈文抓住了这段对于在浙江抗清最后的一个，同样也是稍纵即逝的时机。可是清军绝对不会容忍他继续发展下去，尤其是在这样的内陆府县，一旦再度出现防务漏洞就很可能被会是一场大规模的动乱。
是故，想要在此地生存、发展、乃至是由此席卷各地，首先就必须设法抗住这最初的反扑。至于以后，那是以后的事情，没有现在，也就不会有未来！
这支新军的训练还在继续，而不足百里之外的金华府城，清军也并没有闲下来。除去马进宝的金华镇标营余部，来自衢州、严州、处州的三个营也先后抵达金华府城，而同期自定海出发的督标营也顺利抵达了衢州，在进行必要的休整后，便按照计划中的那般进入金华府参加围剿。
由于兵力暂时还不占优势，骄横如马进宝在从那些逃回来的清军口中得知了战斗过程后，也不敢轻易出兵，去捋陈文的虎须。
只不过，军事行动尚没有开始，李之芳在马进宝抵达后，也拿出了全新的应对手段来对抗陈文的反清宣传。而他宣传的内容也非常简单，那就是刚刚结束的舟山之战。
由于永历四年清军围剿四明山的结局没有发生太大的变化，舟山明军即便有台州方面成功牵制住了马进宝的南线清军，但是由于至关重要的横水洋一战阮进如历史上那般意外被俘身死，舟山一战的结局也没有发生什么变化。
清军攻陷舟山城后，进行了惨无人道的屠城，超过万人殉难。
期间，负责城守的安洋将军刘世勋、都督张名扬、中镇总兵马泰等人力战殉国；鲁监国正妃陈氏等投井而死，西宫妃荣氏和世子留哥被清军俘获；内阁大学士张肯堂、礼部尚书吴钟峦、兵部尚书李向中、工部尚书朱永佑、通政使郑遵俭、兵科给事中董志宁、兵部职方司郎中朱养时等众多官员自杀殉国。
与此同时，兵部左侍郎李长祥、忠卫伯章云飞、挂印将军尹文举、蔡应选、涂登华等；张名振麾下中军总兵金允彦等，礼部丘元吉、户部孙延龄、倪三益等；太仆寺李师密，兵部中军周士礼，副、参、都、守周名臣、郑国化、王培元等先后降清，“俱分发内地善行安插矣”。
舟山之战以明军的失败告终，李之芳依仗着马进宝及来援清军的实力控制各县并大肆宣传此事，为的便是以此来打击明军的士气，为即将到来的围剿做准备。
这些事情，陈文很清楚，而且根据后世的记载，他更加清楚其实这一战明军兵力的损失其实并不是很大，只是由于根据地被攻陷，留在那里的家属大多殉难，以至于士气低落无力再战。
再加上后来在海上飘泊无定的生活，也导致了部分将领对前途失望，包括都督静洋将军张英，都督挂印总兵阮述、阮玉，新袭荡胡侯阮美，都督总兵阮捷、魏宾等先后赴福建闽安向清方投降。而鲁监国、张名振等也只得带着余部投奔郑成功，舟山明军的历史彻底宣告结束。
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