但到了顺治三年的时候，形势急转直下，张献忠在四川再也立不住脚，他预感到自己已经无路可走，可以说是四面皆敌的情况下，丧失了理智，变得有些神经质起来，开始在四川大肆杀戮。
《圣教入川记》中前后对张献忠的评价截然不同，开始是“彬彬有礼”，最后是“然有精神病，残害生灵，不足以为人主”。
张献忠在离开蓉城前，竟然丧心病狂地将大西军中数十万妇孺屠戮一空，就连自己一岁多的幼子也不放过，可见应该是真有精神上的疾病。
这本书的作者是被张献忠封为“天学国师”的西方传教士类思（意大利人）、安文思(葡萄牙人)，这两人都是张献忠制造四川大屠杀的目击证人，他们所撰写的《圣教入川记》应该有很高的可信度。
实际上，张献忠入蜀时间三年，人性泯灭、大开杀戒的是后面那几个月。但在这短短几个月时间里，别说把全蜀地近千万百姓斩尽杀绝，就是把全蜀地所有地方走上一遍都不可能！造成四川人口在明末锐减的罪魁祸首自然还有清兵！
清史记载：顺治三年（1646年），也即满清入关后第三个年头，张献忠已被剿灭，并宣称“破一百三十余营”，四川平定。
然而事实并非如此！满清攻陷重庆，已经是在十三年后的顺治十六年（1659年）。对四川人民的这种顽强不屈的抵抗，清军采取了彻底屠杀的办法作为报复。无论“贼匪”，还是无辜百姓，一律斩杀。
顺治六年清刑科给事中陈调元的奏折中说道：“（在四川）不得已而动大兵剿之，民贼相混，玉石难分，或全城俱歼，或杀男留妇。”
满清残酷的镇压杀戮在四川竟然持续了十多年时间！为了隐瞒真相、欺骗世人，满清居然把他们自己干的这些事也全部栽赃给了有前科的张献忠！
假如张献忠真如满清所说“尽屠四川”，那么荒无人烟的四川，为什么能抵抗清兵长达十多年之久？
不可否认的是，张献忠流民军在四川大肆杀戮，但满清十多年间的征伐镇压杀的人更多！苦难深重的巴蜀人民，在明末清初的二十年内，再一次遭受到了灭顶之灾！导致现在四川人（包括重庆）的主体，早已不再是巴蜀原住民！
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