一月下旬，关东军发动对哈尔滨的进攻，二月五日凌晨，攻入哈尔滨。至此，日军基本上控制了奉天、吉林、黑龙江三省。为了巩固日本对东三省的殖民统治，又减轻中国人民的抵抗，石原莞尔等人开始筹划炮制一个傀儡政权。
奉天、吉林、黑龙江三省的“高官”在关东军的支持和威迫下，于一九三二年二月十六日在沈阳召开了所谓的“建国会议”。翌日，宣布成立“东北行政委员会”，并发表所谓的《独立宣言》，公开筹建“满洲国”。
日本侵略者攻入锦州后的得意情形石原莞尔一面在东北炮制“满洲国”政权，一面就“满洲”事宜，专程返回东京，汇报情况，声称：
一、“满蒙”问题的解决，不应只顾眼前的利益，必须考虑到世界形势的演变和东亚的未来而加以妥善处理。
二、为使苏联放弃进攻远东的企图，确立不败之国防，必须从中国开始实现东亚各民族间的真正的大同团结。
三、作为第一步，必须使“满洲国”成为理想之乡。新建立的“满洲国”，既非中国之失地，也不是日本的领土，而是日中两国共同的独立国家，同时也是各民族协和的理想之乡。四、为获取区区权益，想以权势压迫汉民族的做法，等于重蹈招致三千万民众怒恨而崩溃的张学良之覆辙。
五、在满洲的日本人，应该白手起家，与各民族共处，通过公开的竞争来确立自己的生存权。“满洲国”成立的同时，必须立即废除治外法权、满铁附属地行政权等特权。用法律保护日本人的特权，将会助长日本人的优越感，造成与其他民族间的不和，且导致日本人的堕落。
石原莞尔的意见，暴露出他长期占领我东三省的阴谋。石原将这些意见向军部和政府作了说明，获得了日本国内军政高层的一致赞赏和支持。
三月一日，“满洲国”《建国宣言》发表。九日，在长春举行“建国”仪式，溥仪就任“执政”。“满洲国”的建立，标志着石原莞尔谋划已久的侵略东北、以战养战的图谋的实现。同时，他被论“功”行赏，一九三二年八月，石原莞尔被晋升为大佐军衔。
刚刚晋升为陆军大佐的石原莞尔，一九三二年八月八日奉调回国，担任兵器本厂厂附。一九三三年八月一日，石原莞尔转任第二师团步兵第四联队联队长。这时的石原莞尔抓住一切机会鼓吹他的“南进”计划，还写了一篇《由军事上看皇国之国策及国防计划纲要》，提出具体的侵略策略：“以迅速巧妙之手段使中国本部归我支配、以日、‘满’、华三国为基本范围实行自给经济”，为“日美大战”做好准备。
一九三五年八月一日，石原莞尔出任参谋本部作战课课长。任职期间，他不遗余力地制订策划日本侵略国策大纲，提出了“扩充日满经济力量，加强扶植‘满洲国’，增强大陆兵力，建设无敌空军”的具体计划，为扩充日本侵略实力出谋划策。
一九三六年六月上旬，参谋本部新设指导战争及判断战争形势为主要任务的作战课，石原莞尔担任该课课长。六月三十日，以石原莞尔为首，参谋本部形成了一份《国防国策大纲》。七月，以此大纲为指导，他又主持制订了《战争准备计划方针》。八月，制订了《对苏战争指导计划大纲》。这一系列的作战大纲和具体计划，勾勒出了日本侵略行动的“蓝图”。一九三七年三月一日，石原莞尔晋升为陆军少将。
七七事变后，日本帝国主义发动全面侵华战争。一九三七年九月二十七日，石原莞尔被任命为关东军副参谋长，当时担任关东军参谋长的是东条英机。二人早有间隙，而且石原莞尔十分不情愿给资历相仿的东条英机做副手，两人关系紧张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲热讽，多次当面称呼东条英机是“亲爱的傻瓜”。心胸狭窄的东条英机当然采取各种手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。
预备役时的石原莞尔一九三八年十二月五日，石原莞尔出任日本舞鹤要塞司令官。一九三九年八月，调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔出面组织了所谓的“东亚联盟运动”。这个运动以日、“满”、华相互提携为幌子，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的殖民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。
一九四零年七月，东条英机出任近卫内阁陆相后，促使内阁于一九四一年一月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。三月一日，东条英机以此为借口解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。三月三十一日，石原莞尔被迫退出现役，转入预备役。
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