因为学者们的分歧，理学内部分成了三派，其中没有明确表态的一派是中立派。
名可秀属于没有明确表态的中立派，但在两派的争论中，她的思想也经历了一个碰撞、反思和转折。
理学内部的争论持续了三年，直到蔡发去世还没有定论。因为学者们的分歧，已经对理学的发展造成了影响，虽然这个影响还没有显形于外，但内部学者团体已出现了对立的迹象，如果不解决这个争端，很可能会造成理学的分裂。
名可秀这些年一直在著写《中庸正义》，但并不是闭门造车，理学的两个议题之争她一直在关注，随着她中庸思想的深入，也在反复思考她释义的格物致知和理学的道器之争。
与其他学者相比，名可秀有一个长处，就是宏观与系统能够很好结合，也即是说，她的抽象思维和理性思维的结合比任何一位儒家学者都要强。
儒家学者们，包括创始人孔子在内，都是以抽象思维见长，理性思维相对较弱。只有像沈元、陈旉、高宣、陆宸这些长年致力于物理和应用的儒家学者才具有比较强的理性思维，但这类儒家学者比较少，而他们的抽象思维却因理性思维过强往往受到局限，所以在思想上很难有大的建树，譬如张衡、祖冲之、沈括、苏颂都是这种，物理百科成就很厉害，但思想成就则不显。先秦诸子百家的圣哲中，也唯有墨子，这两种思维结合得最好，故能同时创立出墨家的思想体系和名辩物实逻辑体系。
名可秀具有两种思维结合的特性，这决定了她既能理性辩证地分析问题，又能创新思想解决问题。
她经过长期的反思，分析、归纳理学内部的争论观点，就道器之争上，她认为应该以中庸的思想来对待道、物的区别，它们的先后关系不是绝对的，道生万物，是道在物先，但道不是平空就有的，混沌生太极，太极这个道是又因混沌这个物而生，故而，道与物的先后是相对的。
中庸就是一种相对的思想，名可秀认为，治学上要多用相对论，不要用绝对论。所以，不能过于强调道与物的区别，否则将导致一般与个别、本质与现象割裂的倾向，这会使儒学走上形而上、空谈天理而不重实践的道路——这是认同沈元、陈旉等人的“道不离器”论。
但是，她又赞成苏澹和已辞世的蔡发的提议，将“格物之理”从理学中分出去——这就是摒弃了她原来对理学的三个层级定义。
大宪十六年的二月初二，在理学开年第一次理事会议上，名可秀正式提出了她的新学说，阐明了她的意见，这标志着理学内部长达四年的格物致知之争和道器之争终于落定。
名可秀首先提出的，是新的“格物致知”说。
“格物、致知”，这是《大学》提出的。从东汉郑玄作注解起，到宋代诸儒，“格物致知”的意义一直是争论不休的热点议题。名可秀在她所著的《大学正义》中，对格物致知有创新的释义：穷究事物道理，致使知、性通达至极。即：研究事物而获得知识、道理。知识是物理，道理是人性、天道之理。
名可秀的释义与其他儒家的区别在于：不是司马光的“抵御外物诱惑，而后知晓德行至道”和程颢的“穷究事物道理，知性不受外物牵役”，视物理为修德性的物欲而斥于外，也不是程颐的“穷究事物道理，致使自心知通天理”的踏脚石的存在；而是认为物理与天理、人性是并行、同行的存在。
名可秀的这个释义提高了“物理”（自然科学）的地位，是理学成立的基础，但是也存在着问题，即理学内部争论的——怎么从格物理致知天理？
不解决这个问题，就会混淆人心和道心，这也是名可秀的格物致知释义中存在的不足——虽然她的释义没有将二者混同，但也没有明确分开，在这上面是模糊的，所以造成了理学派在实践应用中的分歧。
理学派内部因为格物学科而起的争论卫希颜是知道的，但她并不是理学的成员，虽然是她给理学提了个名，但当时是作为凤凰书院的创始山长给初立的理学派“赠”了个名，她自己是道家的身份，不会参入到儒学派系中——何况，她不通儒学。所以，名可秀对格物致知和理学定义的反思，卫希颜是帮不了妻子的。但她来自后世的经验让她知道，儒学不能阻碍科学技术的发展，否则儒学必被后世所弃。名可秀对于格物科学的重要性自然是深知的，如何让形而下的物理与形而上的道达成和谐，正是她在修正学说时必须要考虑的。
经过四年的思考，名可秀在重新诠释“格物致知”时，借鉴吸纳了蔡发的观点——人心与道心之别上，存在着一个矛盾：人心即求物欲之心，当向对象性的物理世界去求；而道心即求道之心，当向形而上的天道之中去求。
但人无法直接去求取天道，怎么办？——蔡发没有解决这个问题。
名可秀从孟子和庄子的学说中得到启发，认为：天道创造了人，人的生命体现了天道，故可以通过人的生命本质去求天道。这即是孟子说的“万物皆备于我矣，反身而诚，乐莫大焉”。
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