后来加入秦王府，跟随李世民南征北战，立下军功，逐渐被李世民赏识，得以参与各项事务的谋划，受封为左虞候、车骑将军，封全椒县子。
李凌威清楚地记得，从唐武德九年，李世民与李建成的矛盾激化。太子李建成拉拢尉迟恭不成，于是派人刺杀。
尉迟恭与侯君集劝谏李世民早下决心，与李建成了断，支持李世民发动玄武门事变，侯君集率军控制唐高祖和朝臣，尉迟恭等人诛杀李建成及李元吉全家。
李世民即后，封为左卫将军、潞国公，赐邑千户，迁右卫大将军。
侯君集由于玄武门之变地表现，在贞观四年拜兵部尚书，参与朝政。
后来，李世民打算讨伐吐谷浑伏允，任命李靖为西海道行军大总管，命侯君集与李道宗为李靖的副手。
贞观九年三月，李靖攻灭东突厥后，率领侯君集开始讨伐吐谷浑，大军行至鄯州，李靖在侯君集的建议下，挑选精锐，长驱直入。
伏允在库山被击败后，轻军奔走沙漠，李靖与薛万钧、李大亮从北，侯君集与李道宗从南分两路长途奔袭，追击伏允。当时夏天却有霜降，山里有很多积雪，但侯君集等克服自然困难追击二千多里地，先后于逻真谷、汉哭山、星宿川、柏海等大破伏允军，斩获颇丰。
侯君集一路追击到积玉山，见到河水的源头，才回师与李靖在大非川会合，班师回朝。
到了吐谷浑之战也就是贞观十一年侯君集被封陈州刺史、陈国公到了十二年，拜光禄大夫、吏部尚书，说起来，李世民对侯君集也是厚爱。
侯君集出身行伍，没有读过什么书，获得高官厚禄以后开始读书学习，参与官员的选拔，定制考核题目，侯君集出为武将征伐，入为大夫参与朝政，一时间享有美誉。
到了贞观十三年，高昌王麹文泰断绝西域与中原的商业往来，于是李世民征召麹文泰入朝，麹文泰称病不去，李世民任命侯君集为交河道行军大总管，契苾何力为葱山道副大总管，率领大军前往讨伐。
麹文泰听到这个消息后对国人说：“大唐距离高昌有七千余里，中间有沙漠两千里，冬冷夏热，没有水草，大军难以前行。
若唐军强行军至高昌二十天内粮草必然吃完，那时候与唐军接战一定打败他们，所以没有什么好担心的。”
然而侯君集率领大军行至碛口，麹文泰却已经病死，其子麹智盛继承王位。
贞观十四年，侯君集等率兵行至柳谷，探马禀报说麹文泰将要安葬，高昌国人到时候聚集一处，可趁机袭击。
但侯君集却认为趁其墓葬时偷袭不是问罪之师，而拒绝这么做。侯君集于是领大军敲着鼓前进，攻略高昌国的田地。高昌人据城坚守，侯君集劝降但没有成功。
当初大军出发前，李世民征召山东擅长制作工程器械的工人全部随军。侯君集于是砍木填充城壕，用推车撞击矮墙，撞开的穴口有数丈之宽，又用抛车往城中砸石头，阻挡的敌人都被砸得碎烂，有的人披着毡子，用来遮挡落石，城上的守军都没有立足之地。于是唐军攻克城池，掳获男女七千余人。侯君集乘胜进兵，包围高昌国都城。
高昌新王麹智盛穷途末路，于是致书给侯君集说是先王对唐天子无礼，而自己刚刚继位没有什么过错，希望侯君集能手下留情。
侯君集回书给麹智盛说如果是真心悔过，就在军门束手投降。但麹智盛还是没有出降。
侯君集命士兵填平城壕，用抛车以攻城，又修建十丈高楼，俯视城内，落石砸中的地方或被砸中的行人，都大声高呼，城内的人都躲入室内了。
当初，麹文泰与西突厥欲谷设约定，如果高昌被攻，则西突厥就来援助。等到西突厥听闻侯君集到了，欲谷设害怕向西逃走千余里，
麹智盛失去援助，无计可施，开城投降，侯君集于是分兵平定高昌各地，高昌国灭亡，侯君集俘虏麹智盛及其百官，刻石纪功班师回朝。
侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有，手下将士们知道后也开始盗取金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪。
班师回朝后，司法官将侯君集下狱，但中书郎岑文本以为侯君集是功臣大将，不能轻加屈辱，于是上书李世民请求将侯君集释放。
而侯君集自以为立下大功却因为贪财而被囚禁，感到非常不快，李凌威知道，侯君集此人心胸狭隘，又是个贪图享受之辈，所以在这里也埋下了侯君集后来造反的伏笔，
到了贞观十七年，张亮被派往洛阳都督，侯君集问张亮：“怎么会遭到排挤？”
张亮说：“如果因为公务在外做官就是遭到排挤，那么谁才是最冤枉的？”
侯君集又说：“我平定一个国家，回朝后惹得皇上大怒，怎么不是排挤？”
侯君集说着还挽起袖子说道：“这样子活不下去，你能造反吗，要是可以，我和你一起造反。”
张亮将侯君集的话告诉给了李世民，李世民对张亮说：“你和侯君集都是功臣。这些话侯君集只告诉给了你一个人，到时候他死不认账，你也拿他没办法。”
于是李世民将这件暂且放下，对待侯君集还是和以前一样。而后李世民命阎立本画侯君集等二十四人的画像置于凌烟阁，侯君集位列第十七名。
贞观十七年，太子李承乾担心自己被废，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿贺兰楚石又在东宫任职，于是多次派他引侯君集入东宫。
侯君集觉得李承乾无能，担心重演李建成的悲剧，于是劝李承乾谋反，侯君集与李承乾谋划好之后，担心计划泄漏，心中不安，常常晚上睡不着，妻子非常奇怪，对侯君集说：“你是国家大臣，每天晚上这样，一定是有什么事。
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